Клиническая биохимия
pyridoxal 5'-phosphate(2-)
pyridoxal 5'-phosphate(2-) — метаболит человека. В химическом справочнике ChEBI эта структура относится к классу «vitamin B6 phosphate anion». Для неё указаны формула C8H8NO6P и формальный заряд -2. Другие роли, приведённые для той же структуры: кофактор.
Что означает эта роль
При поиске метаболита в биологической пробе учитывают матрицу, способ пробоподготовки и аналитическую платформу. Сигнал с подходящей массой может принадлежать нескольким структурам. Для уверенной идентификации используют дополнительные признаки, например время удерживания или характер фрагментации.
Как прочитать формулу и массу
Формула C8H8NO6P задаёт следующий состав одной структурной единицы: C — 8, H — 8, N — 1, O — 6, P — 1. Средняя масса составляет 245.127 Да, а моноизотопная масса — 245.01002 Да. Первую используют при расчётах с усреднённым изотопным составом, вторую сопоставляют с теоретической точной массой определённого изотопного состава. В масс-спектре прибор регистрирует отношение массы к заряду иона. Для сравнения с пиком учитывают ионную форму и возможное образование аддукта.
Пример пересчёта единиц
Если в справочном примере содержание pyridoxal 5'-phosphate(2-) равно 10 мкмоль/л, то для формы C8H8NO6P это приблизительно 2,45127 мг/л. Для такого пересчёта количество вещества умножают на молярную массу и согласуют приставки единиц. При использовании стандарта в виде соли или гидрата сначала проверяют, к какой форме отнесена заявленная концентрация. Пример показывает перевод единиц и не является референсным интервалом.
Как различить записи
В ChEBI указана прямая связь: pyridoxal 5'-phosphate(2-) — сопряжённое основание для «pyridoxal 5'-phosphate». У этих форм различаются число протонов и заряд. При переносе результата проверяют, какая форма была выбрана для расчёта массы.
Справочные данные
- Международное название
- pyridoxal 5'-phosphate(2-)
- Класс ChEBI
- vitamin B6 phosphate anion
- Формула
- C8H8NO6P
- Формальный заряд
- -2
- Средняя масса, Да
- 245.127
- Моноизотопная масса, Да
- 245.01002
- InChIKey
- NGVDGCNFYWLIFO-UHFFFAOYSA-L
- Другие обозначения в ChEBI
- (4-formyl-5-hydroxy-6-methylpyridin-3-yl)methyl phosphate, (4-formyl-5-hydroxy-6-methylpyridin-3-yl)methyl phosphate, pyridoxal 5'-phosphate, pyridoxal 5'-phosphate dianion
ChEBI, выпуск 257, CHEBI:597326 · EMBL-EBI · CC BY 4.0